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Se o que você precisa é editar arquivos em pdf, o PDFEditor pode ser uma solução.
O aplicativo permite edições avançadas de pdf para usuários mais experientes e edições mais simples para iniciantes.

Não se trata de um aplicativo simples e tampouco é muito intuitivo, mas para quem tem necessidade constante de editar arquivos em .pdf vale a pena.
Para instalar o PDFEditor no Ubuntu 8.04, clique em Aplicações > Adicionar/Remover e procure por PDFEditor.
Marque o aplicativo para instalação e clique em “Aplicar Mudanças”.

É possível editar, extrair ou inserir textos, suprimir ou acrescentar páginas, imagens, alterar cores de fonte e fundo, inserir novas fontes, dentre outros.

Há uma funcionalidade para trabalhar com linha de comando, mas é possível fazer muita coisa com interface gráfica.

O Pdfedit não edita as informações meta dos documentos em PDF, para fazer isso utilize o pdftk. O aplicativo pdftk é um utilitário para pdf, requerido por vários outros do gênero. Ele funciona por linha de comando, mas não é difícil aprender a utilizá-lo.
Para instalá-lo no Ubuntu abra um terminal (“Aplicações” > “Acessórios” > “Consola”) e digite o seguinte comando:

sudo apt-get install pdftk

Para editar a informação meta, faça o seguinte:
1- Abra um terminal e navegue até o local do PDF.
2- Extraia as informações meta para um arquivo em .txt com o comando:

pdftk documento.pdf dump_data output meta.txt

3- Edite as informações no txt. (Dica: se estiver faltando alguma informação meta, gere com o OpenOffice um PDF tendo editado as propriedades do documento. Depois extraia as informações do mesmo jeito e vc terá as tags para as informações meta)
4- Importe as informações (Nota: o aplicativo não edita o documento, mas gera outro com as alterações desejadas) usando o seguinte comando:

pdftk documento.pdf update_info meta.info output novodocumento.pdf

Prontinho, a informação meta já deve estar ok no novo documento.

Para marcar textos:

Um excelente aplicativo para quem quer simplesmente ler textos em .pdf, mas gostaria de ter a liberdade de fazer anotações, destacar textos, enfim, tratar o arquivo em .pdf da mesma forma como tratamos um texto impresso é o Xournal.
Para instalar o Xournal no seu Ubuntu 7.10, basta o seguinte:
Clique em Aplicações > Adicionar/Remover
Procure por Xournal, marque para instalação e clique em Aplicar