NdVO

Para fechar por linha de comando um aplicativo que está rodando use o comando killall. Eis um exemplo: para fechar o gnome-panel (os painéis superio e inferior do gnome) digite:

killall gnome-panel

Outra opção é usar o comando xkill.:
xkill
Após dar o comando, o primeiro programa no qual você clicar, será fechado de forma forçada.

Dicas:

1- Use a tecla tab para autocompletar o nome do programa.

2- Alguns programas reiniciam após fechar, como o nautilus e o gnome-panel. Se você tiver problemas com estes programas, experimente fechá-los que eles provavelmente retornam com o problema resolvido.

3- Alguns programas terão de ser fechados como root. Neste caso digite: sudo killall nome-do-programa.